Am Donnerstag stimmte auch im Nationalrat eine große Mehrheit für den Initiativantrag von ÖVP und Grünen, der nach Durchführung eines Expertenhearings im Gesundheitsausschuss in wesentlichen Punkten aber noch angepasst wurde. Die FPÖ übte bis zuletzt scharfe Kritik am Vorhaben und verlangte auch eine namentliche Abstimmung, die nach einer hitzigen Debatte bei 170 anwesenden Abgeordneten mit 137-Pro-Stimmen zu 33-Kontra-Stimmen ausging.
Neben den freiheitlichen MandatarInnen lehnten somit auch noch SPÖ-Abgeordneter Josef Muchitsch sowie die vier NEOS-Abgeordneten Fiona Fiedler, Stephanie Krisper, Gerald Loacker und Johannes Margreiter die COVID-19-Impfpflicht ab. Auf Basis eines Entschließungsantrags von ÖVP, Grünen und SPÖ wurde auch ein sogenanntes Anreiz- und Belohnungspaket beschlossen, das u.a. eine Impflotterie und Zuschüsse für Gemeinden bis zu 375 Mio. € enthält. Mehrheitliche Zustimmung fand zudem ein Abänderungsantrag zum COVID-19-Impfpflichtgesetz (COVID-19-IG), in dem das begleitende Monitoring noch einmal spezifiziert wurde.
Die überarbeitete Fassung des Impfpflichtgesetzes enthält u.a. Sonderbestimmungen für das Verfahren vor den Verwaltungsgerichten. Diese sind nach Auffassung der Bundesregierung zur „Regelung des Gegenstands“ im Sinne des Art. 136 Abs. 2 B-VG unbedingt erforderlich.
Anfang Februar soll die Impfpflicht in Österreich starten. Auf die mit den Verstößen befassten regionalen Behörden und Landesverwaltungsgerichte kommt viel Arbeit zu. Sie sollen mehr Personal bekommen. In den Bundesländern ist die Vorbereitung dafür angelaufen. 
Auf die Justiz kommt mit der Impfpflicht ein „unglaublicher Aufwand” zu, den man ohne entsprechende Aufstockungen nicht bewältigen werde können, konstatiert Richterpräsidentin Sabine Matejka. Dies betrifft nicht nur die Verwaltungs‑, sondern auch die Höchstgerichte. VfGH und VwGH erwarten jeweils rund 13.000 Fälle mehr. Sie verlangen in der Begutachtung zum Impfpflicht-Gesetz zusätzliche Budgetmittel zur Bewältigung dieses enormen Arbeitsanfalls.